Hittills har sjöfarten varit undantagna från EUs handel med utsläppsrätter. Från och med nästa år ska även sjöfarten in. Detta kommer att öka kostnaderna, och frågan är nu hur sjöfarten på Östersjön kommer att påverkas.
Sjöfarten har uppförsbacke. Nya krav på minskade utsläpp innebär att dagens helt dominerande fossila bränslen med tiden inte kommer att klara tillåtna värden. Traditionellt har större fartyg använt diesel eller tyngre oljor (bunkeroljor) som bränslen. Idag har ett antal fartyg gått över till flytande fossilgas i form av metan, vilket minskar utsläppen av koldioxid till ungefär hälften jämfört med diesel. Samtidigt minskar utsläppen av förorenade gaser jämfört med diesel, så både klimat och miljö är vinnare på detta.
Dock köper detta rederierna en relativt kort tidsfrist. Det flyttar problemet att klara utsläppskraven några år bortåt i tiden, men inte så länge som ett skepps livstid. Här finns ett tveeggat svärd, eftersom det kan bli svårt att konvertera fartyg till annat än flytande metan den dag de inte längre klarar kraven.